Sezóna 2012/13
Prvá sezóna hosťovania ktorú Kubena začínal, nie ako dorastenec ale už ako muž. Mladý,vtedy len 19 ročný Martin aj v rozhovore pre denník Šport uviedol, že začiatky preňho neboli najľahšie, a bol to dosť veľký skok ísť z mládežníckej kategórie do 2. najvyššej slovenskej ligy. V tejto sezóne sa klub MFK Liptovský Mikuláš umiestnil na 10. mieste a len o 2 body ušli Dolnému Kubínu ktorý sa v tejto sezóne prepadol do 3. slovenskej ligy. Kubena sa už v tejto sezóne uchytil, čo je dosť zriedkavý jav a odohral celkovo 30 zápasov. Zapadol do základu mužstva a stal sa tak jedným z oporných pilierov obrany.
Sezóna 2013/14
V roku 2013 došlo k predĺženiu hosťovania v MFK Liptovský Mikuláš o 1 rok. V tejto sezóne došlo v klube k početným zmenám na poste trénera,a to sa odrazilo aj na výsledkoch mužstva. Mužstvo bolo značne oslabené psychicky i fyzicky, nakoľko priemerný počet hráčov nepresahoval číslo 15. Po náročnej a smolnej sezóne sa Liptovský Mikuláš dostal s počtom bodov 28 do baráže o udržanie. Tento zápas po pokutových kopoch skončil víťazne pre Liptovský Mikuláš po tom,ako Kubena premenil poslednú penaltu a tým zabezpečil Liptovskému Mikulášu miesto v 2. slovenskej lige. V tejto sezóne Kubena odohral celkom 32 zápasov a tým sa radí do veľmi úzkej skupiny hráčov druhej ligy s najvyšším počtom odohraných zápasov.
Sezóna 2014/15
V tejto sezóne sa začal hrať nový systém, a teda rozdelenie na východnú a západnú skupinu. Po veľmi vydarenej časti sa Mikuláš dostal do nadstavbovej časti – skupiny o postup do 1. ligy. V tejto nadstavbovej časti prejavil o Kubenu záujem nejeden klub, no z hľadiska podmienok mu Mikuláš vyšiel vždy ako najvhodnejšia a najvýhodnejšia možnosť. Liptovský Mikuláš sa v tejto sezóne umiestnil na veľmi peknej 4. priečke.
Sezóna 2015/16
Jesenná časť 2015/2016 bola pre Kubenu veľmi úspešná. Po osvojení si herných systémov sa orientoval na ihrisku ako ryba vo vode. V tejto časti sezóny získal ocenenie za 3. miesto v ankete Najlepší hráč.Celkovo odohral 18 zápasov a strelil 3 góly, čím sa vyrovnal svojím klubovým kolegom- útočníkom. V tejto sezóne sa stal oficiálnym hráčom MFK Tatran Liptovský Mikuláš.
Sezóna 2016/2017
V tejto sezóne odohral celkovo 10 zápasov a strelil dva góly. V decembri 2016 , po skončení zmluvy s MFK Tatran Liptovský Mikuláš sa stal opäť voľným hráčom. Absolvoval trojdňovú skúšku v prvoligových Michalovciach, s ktorými sa nedohodol na podmienkach. Záujem prejavil aj rovnako prvoligový MFK Ružomberok , s kt. na začiatku januára absolvoval týždenné sústredenie v Prahe a dvojtýždňovú prípravu na pôde Ružomberka, kde bol stavaný do základného kádra. K podpisu už pripravenej a doladenej zmluvy aj napriek výborným Kubenovým výsledkom a pochvalám zo strany trénera však z doposiaľ nezistených príčin nedošlo a Ružomberok zo dňa na deň s Kubenom prestal rátať ako s hráčom do základnej zostavy. Nakoľko strávil 3 týždne v Ružomberku a na základe rokovania o zmluve s Ružomberkom ktorá bola už zostavená odmietol iné ponuky, je Martinova futbalová kariéra v kritickom ohrození. Vačšina klubov má totiž začiatkom februára už uzatvorený káder a preto bude do konca prestupového obdobia veľkým problémom usadiť sa v nejakom perspektívnom klube. 
